Hola Belola:
El 99% de la gente que lleva la tabla encima del coche en la baca (con funda sobre todo) lo hace así (Ver vídeos). No creo que haya mejor forma de hacerlo. Con los pads de la barras y fundas en las tablas, es practicamente imposible que dañes la tabla. Yo suelo lleva dos tablas, una encima de la otra de esta misma manera:
Los vídeos están en inglés pero da igual, se ve perfectamente como va la tabla. Y se ve muy bien como colocar las cinchas también.
Un detalle: Centra la tabla para que no sobresalga demasiado hacia delante ni hacia atrás... Sobre todo que no sobre mucha "ala" delante, para que no tienda a levantarse por el aire a velocidad.