Wenas Jorge, el año pasado me saque el PER y lo hice de la siguiente manera:
Teórico: por libre, solo pagas los derechos de examen. En la web del instituto andalúz del deporte podrás consultar y descargar la documentación, las convocatorias y los requisitos.
Prácticas de Motor y Vela: en escuela náutica.
Práctica de Radio y comunicaciones: en escuela náutica.
Despues de esto tienes que pasar un reconocimiento médico, que es el mismo que el de conductores, asi que como me caducaba el carnet de conducir aproveché y solo tuve que pagar uno. Eso si hay que decirle al centro médico donde los pases que te hagan una copia para la titulación náutica. Llevar toda la documentación al instituto de los webs, y pagar otra tasa por expedición de título.
Para realizar las prácticas anteriormente mencionadas tienes que acudir a una escuela náutica homologada por la Junta de Andalucía. Hay un listado de las homologadas por provincias en la web que antes te indiqué. Yo elegí ALAVELA. La verdad es que el trato es excelente, especialmente la persona que se hizo cargo de nuestro grupo: Miguel Angel, genial persona y gran marino. Las prácticas las hicimos en el estrecho, todos los dias con viento, a veces de 25-30 knts, y buenas olas (jajaja no veas como se movía el barquito, algunos juraron no volverse a montar en barco de vela en su vida, solo querían el PER para la moto de agua y la lancha del veranito). Además de que es un espectaculo navegar con un velero en el estrecho puedes ver mogollón de delfines e incluso estuvimos cerca de un grupo de Ballenas Piloto. Por otra parte era la escuela que nos dio mejor precio, (+-200€ de diferencia) en comparación con otras escuelas. Te dejo la dirección http://www.alavela.es comentarte que salen desde Sotogrande o desde La Linea.
Espero haberte ayudado y suerte si te decides, para cualquier duda ponte en contacto conmigo.
Un saludo.